Com 30 quilômetros de extensão, o canal de Bertioga é uma marina natural à espera do turista voltado às atividades náuticas. O Forte São João, construido em 1547 na sua foz, é o mais antigo do Brasil. Escunas atracadas próximas ao forte oferecem passeios ao longo da região costeira.

Excelente ponto de pesca, o canal conta com píers, marinas, a foz do Rio Itapanhaú e a balsa que faz a travessia Guarujá-Bertioga. Com grande potencial de desenvolvimento e exploração, o turismo náutico está sendo incentivado como um dos principais propulsores da economia local.